Во второй части трилогии, борцы за свободу Нео, Тринити и Морфеус продолжают вести восстание людей против Армии Машин. Для уничтожения системы репрессий и эксплуатации они вынуждены прибегнуть не только к арсеналу превосходного оружия, но и к своим экстраординарным навыкам. Участие в миссии по спасению человеческой расы от её полного исчезновения приносит им более глубокое понимание конструкции Матрицы и осознание центральной роли Нео в судьбе человечества. Не обойдётся в фильме и без Агента Смитта, который предстанет перед нами в усовершенствованной версии.